Donjoneretvanski prostor jedinstveni je ekosustav bogat različitim biljnim i životinjskim vrstama. Rijeka, more i krš zajedničkim su djelovanjem stvarali uvjete u kojima je mnoštvo vrsta pronalazilo idealna staništa. Upravo je za Neretvu svojstvena velika raznolikost staništa koju čine vodene površine tekućica i stajaćica, obale rijeke, tršćaci, vlažne livade, šume johe i vrba, morska obala, ali i onih koja su nastala čovjekovim djelovanjem: polja, nasipi, kanali, naselja. Gotovo nepregledne močvarne površine danas su, na žalost, ljudskim djelovanjem svedene na bitno manju mjeru, na izdvojene "krpice" prvobitnog izgleda i statusa, okružene golemim površinama kultiviranog ili naseljenog zemljišta. Ipak, za razliku od drugih sličnih područja u svijetu, antropogeni činitelj nije u pretjerano velikoj mjeri ugrozio izvornost doline. Tako je ona i danas, u ponešto smanjenom opsegu, još uvijek riznica prirodnog blaga. Ljudskim utjecajem prvobitna je šumska vegetacija okolnih brda.
U Neretvi su, uz samo ušće, osobito dobro razvijene zajednice primorskih sitova i livade grmolike caklenjače.
Bočatost neretvanskih voda preduvjet je bogatstva ribljih vrsta koje žive, hrane se ili mrijeste u ovim vodotocima. Iako sve hrvatske rijeke jadranskog slijeva još uvijek omogućuju opstanak mnogim vrstama, Neretva pruža utočište neusporedivo najvećem broju slatkovodnih i brakičnih riba. Od najčešćih i ribolovno najzanimljivijih spomenimo ovdje više vrsta cipala i nadasve jegulju, neobičnu zmijoliku ribu kompliciranog biološkog ciklusa. Više od dvije tisuće godina pobuđuje ona živi znanstveni interes, od Aristotela i Plinija, preko mladog Sigmunda Freuda, do suvremenih biologa. Jegulja, poznato je, rađa se i umire u moru, a živi u slatkim riječnim vodama. Mnogo je tajni i mnogo dvojbi još uvijek oko njezina životnog ciklusa, no jedno je posve sigurno: vrlo je ukusna. Tako je mislio i antički pisac Atenej koji joj je ispjevao odu u svojim Gastronomskim razgovorima.
Među vrlo brojne vodozemce spada velika zelena žaba. Ona je, zapravo i posvuda nazočan simbol našeg kraja. Susrest ćemo je u nazivima mjesta i jedne (manje) planine, u imenima povijesnih pokrajina (Župa Žaba), no najčešće ćemo je susresti na trpezi kao još jednu odliku gastronomske specifičnosti našeg kraja. Tu, u loncu ona postaje "neobično blizak srodnik" jegulji s kojom u simbiozi čini domaći neretvanski brodet, koji se kod nas zove brujet, tako posebnim.
Uz veliku zelenu žabu područje nastanjuje još dosta vrsta vodozemaca i gmazova (koje ne jedemo): bjelouška, ribarica, blavor, krška gušterica...
Po okolnim brdima i u dolini žive i mnogobrojni sisavci. U Neretvi prebiva rijetka i ugrožena vidra. Osim nje, skupini strogo zaštićenih sisavaca pripadaju vukovi i divlje mačke.
U vodama delte živi čak šesnaest slatkovodnih vrsta vodenih puževa i nekoliko vrsta rakova. Sasvim je razumljivo da u ovako močvarnom prostoru mora biti mnogo vrsta kukaca, čak 307. Samo leptira ima više od 250 vrsta.
