Metković ima bogatu crkvenu povijest. Prvu, staru crkvu sv. Ilije grade izbjeglice iz hercegovačkih sela na mjestu današnje nove crkve, koja dominira gradskom vedutom. Nova crkva izgrađena je 1871. god. u neoromaničkom stilu s elementima neogotike. Sv. Ilija Prorok zaštitnik je župe i grada Metkovića, a 20. srpnja, dan sveca, proglašen je Danom grada Metkovića.
Brigu o izgledu crkve Metkovci nisu prestali voditi ni u novijoj povijesti, obnavljali su je nakon angloameričkih bombardiranja u II. svjetskom ratu i nakon Domovinskog rata. U vjerskom životu grada posebno su zanimljive i bogate manifestacije pučke pobožnosti u preduskrsno vrijeme. Žudije, muškarci odjeveni u živopisnu starorimsku odjeću, u smjenama čuvaju Isusov grob, a na Veliki petak sudjeluju u procesiji koja prolazi najstarijim dijelom grada. U povorci se zorno prikazuje Kristova muka koja nikoga ne ostavlja ravnodušnim. Taj običaj je u Metković, 1857. god. donio iz Loretta, u kojemu je studirao, Ante Gluščević.
Pred crkvom je brončani kip jednog od najvećih hrvatskih misionara, oca Ante Gabrića. O. Ante Gabrić rođen je u Metkoviću 18. veljače 1915. god. Studirao je filozofiju u Gorici i Gallaratu u Italiji. Godine 1938. krenuo je u misionarsku službu u Indiju, a 1943. god. ondje je zaređen za svećenika. U misionarskoj službi u Indiji proveo je punih pedeset godina. Umro je 20. listopada 1988. u mjestu Maria Poliu u blizini Kalkute gdje je i pokopan. Za o. Antu Gabrića svi su imali samo riječi hvale, od Indijaca kojima je nesebično pomagao i svjedočio Krista, preko kardinala Franje Kuharića, pa do blažene Majke Tereze koja je s njim provela mnoge godine u Indiji i kojoj je bio ispovjednik.
Osim župne crkve sv. Ilije na lijevoj obali Neretve nalazi se i crkva sv. Franje. To je moderna betonska građevina sagrađena 1982. god. Crkvu čine posebnom vrijedna djela akademskih umjetnika: Gospin kip Josipa Marinovića, kip sv. Franje s golubovima Krune Bošnjaka, postaje Križnog puta Vatroslava Kuliša i mozaik koji prikazuje sv. Franju koji skida Isusa s križa. Na nekadašnjem glavnom putu prema Dubrovniku, nalazi se crkvica sv. Ante sagrađena 1882. god. na mjestu srušene kapele Gospe od Zdravlja i sv. Ante, koju je 1853. god. podigla obitelj Mate Veraje. Sve do 1953. god. crkva je u vlasništvu obitelji Veraja kad je vlasnici daruju župi sv. Ilije. Običaj je da svake godine večer prije blagdana sv. Ante metkovski vjernici pješače do te udaljene crkvice. Osim navedenih, u Metkoviću postoji i samostanska crkva sv. Obitelji u sklopu samostana redovnica Družbe služavki Maloga Isusa i crkva Sv. Ivana Nepomuka i sv. Roka na gradskom groblju.
Godine 1938. u Metkoviću je sagrađena zavjetna crkva sv. Nikole Putnika koja je nažalost stradala za vrijeme savezničkog bombardiranja u Drugom svjetskom ratu. Nakon rata uklonjeni su njezini ostaci a 1960. na tom je mjestu podignuta stambena zgrada.
U Vidu se nalazi kasnosrednjovjekovna crkva sv. Vida koju neki arheolozi datiraju u XV., a drugi u XVII. st. i župna crkva Gospe Snježne. Na mjestu današnje crkve sv. Vida, u V. st. bila je izgrađena jednobrodna starokršćanska crkva s polukružnom apsidom, predvorjem i aneksima sa sjeverne i južne strane crkve. Crkva je bila duga gotovo 30 m, a široka 25 m.
U selima Dragoviji i Prudu nalaze se crkve sv. Ivana Krstitelja; prva s kraja XVII. st. i druga izgrađena 1989. god.
S desne strane Neretve uspostavljena je 1969. samostalna župa sv. Nikole biskupa. Nastanak nove župe potaknut je vjerskim potrebama stanovnika, čiji je broj bio gotovo jednak onomu s lijeve strane Neretve. Župna kapela je otvorena u prizemlju novosagrađene kuće i posvećena sv. Nikoli biskupu. Iznad kapele nadograđen je stan za pastoralno župno osoblje.
Prema nacrtu metkovske arhitektice Marine Hren, započeta je u ovoj župi izgradnja Pastoralnog centra o. Ante Gabrića. Kamen temeljac postavljen je 18. travnja 1993. god. u jeku Domovinskog rata. Ovaj je veličanstveni sakralni objekt postao nova župna crkva u prosincu 2009. kad ju je posvetio nadbiskup splitsko-dalmatinski, monsinjor Marin Barišić. Na području grada postoje i dvije srpske pravoslavne crkve: crkva sv. Đorđa za sve neretvanske srpske pravoslavce i crkva sv. Petra u selu Glušci koja je ujedno i najstarija pravoslavna crkva u cijeloj dolini Neretve.
Odnedavno, zahvaljujući aktivnostima Srpske pravoslavne općine, obnovljena je zgrada u kojoj živi pravoslavni svećenik.
